合作社是一种处于一定组织环境中、具有一定质性规定的组织形式，所以，中国农民合作社发展的特殊性必然来自于其所处环境的现实约束。
首先是基于农业生产经营主体异质性的结构嵌入.在当今中国，农民分化的情势在很大程度上决定着农村产权主体的异质性，而这种产权主体的异质性深刻地影响着合作社产生和发展中的成员动机、产权结构、治理结构乃至文化取向等。换言之，与西方发达国家相比，我国农民合作社在发展中呈现出显着的成员异质性。合作社的本意是通过成员内部的横向一体化去应对外部的纵向一体化，而我国合作社则不然：成员们并非利益同质的共同体关系，很可能在共同应对外部市场竞争的同时，其内部也形成某种购销关系，即一部分成员赚另一部分成员的钱。
其次是基于农产品供应链管理态势的市场嵌入.自20世纪80年代以来，合作社面临以纵向协调为主要特征的农业纵向一体化与供应链管理趋势。我国异于欧美国家通常路径(先合作化/横向一体化，而后产业化/纵向一体化)的先产业化(纵向一体化)后合作化(横向一体化)的农业经济发展路径，必然造成我国农民专业合作社的发生和发展目标、方式、走向的独特性。这种市场嵌入困境也迫使我国农民合作社必须在战略、组织和业务等诸方面及时、深刻地变革创新，以适应环境变化。这就意味着：合作社的组织关注点必然越来越转向关注市场和合作社自身发展；合作社的运营战略必然地由内敛趋向开放，趋向和融入供应链；合作社必然参与构建具有新的合理性的内外部利益协调机制。在一定程度上，合作社内部的纵向一体化是对外部纵向一体化的应对。
再次就是基于我国社会政治结构的制度嵌入.近年来，各级政府对农民合作社发展期望日重，影响甚大，这既有利于促进合作社快速发展，同时也容易使合作社勉为其难地去承载政府的某些经济或社会功能。实际上，不少地方政府更强调的是合作社对成员和非成员的带动，而不注意对合作社运作规范性的监管。这就可以理解为什么很多龙头企业参与到合作社经营中，因为他们都是追随着政策来的。在一定程度上，政府部门并不是迎合龙头企业，而是诱导龙头企业。由此可见，未来我国农民合作社发展的核心问题在很大程度上就转化为如何建构合作社自治与政府规制的合理平衡的问题。
最后就是基于村社结构和乡土文化的村社嵌入.我国农民合作社从一开始就根植于农村基层中。然而，中国农村传统的价值观念和文化规范中，似乎比较缺乏市场机制下那种经常要求人们以平等关系、一般信任为最大道德保障的文化资源。而且，20世纪五六十年代的合作化运动似乎更多地构成了一些偏于负面的社会记忆。更何况在当前农村社区、基层组织及其集体土地资源发生深刻变化的情形下，合作社与社区组织如何建构合理的互动关系，合作社社区化究竟是强化还是弱化了其质性程度，更是农民合作社发展中值得关注的基本背景之一。
所有这些无疑意味着，我国农民合作社的发展机遇要严峻得多，面临约束要复杂得多，合作社企业家要稀缺得多，成员禀赋要参差得多，政府介入要频繁得多，更导致我国农民合作社相较于国外合作社的特殊性。如果把我国农民合作社放在这个多重嵌入性框架里来看，合作社的嵌入程度越深，就越不像传统的、理想的或标准的合作社。在此意义上，中国农民合作社的发展必然是超越经典的、反映中国特色的、体现时代特征的。
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