科技作用的不确定性使得它具有“双刃剑”效应，它一方面能够促进经济社会的发展，另一方面又可能对生态环境造成破坏，影响到人们的生活质量。有的地方规划建设一些科技工程项目，造成一定的社会影响。因此迫切需要推进社会治理体系和治理能力现代化，需要正确处理改革、发展和稳定的关系。
科技应用造成社会问题的原因有三方面。第一，随着改革开放的不断深入，社会转型加快，民众的法治意识和维权意识的增强，人们对于保障自身权益、规避风险的愿望越来越强烈；第二，随着城市化、工业化进程的不断发展，少数地方政府坚持唯GDP论的发展观念，忽视群众的利益诉求，势必造成冲突；第三，少数领导习惯于传统的行政主导型决策方式，项目规划建设信息不够透明公开，项目环境评估和风险评估流于形式等。
习近平总书记在十八届三中全会提出：“创新社会治理，必须着眼于维护最广大人民根本利益，最大限度增加和谐因素，增强社会发展活力，提高社会治理水平，维护国家安全，确保人民安居乐业、社会安定有序。要改进社会治理方式，激发社会组织活力，创新有效预防和化解社会矛盾体制，健全公共安全体系等重要任务。”
推进社会治理体系和治理能力的现代化，我们要加强科技民主决策。政府要搭建政府、公众、媒体、知识阶层之间理性互动交流的平台，引导舆论趋于理性、信息趋于公开透明，并及时公布科技项目的环评报告。
推进社会治理体系和治理能力的现代化，我们要提高公众的科学素质。我国的科技应用项目面临的一个难题就是公众科学素养偏低。社会公众的科学素养状况会直接影响到参与科技公共治理的实际效果。公众对一个较专业的问题不熟悉是可以理解的，需要专业人员加大科普的力度，实事求是地耐心向公众普及关于科技项目的事项，将科技应用风险评估内容及时公开并宣传。
推进社会治理体系和治理能力的现代化，我们要依法对科技应用事项进行社会治理。政府要善于运用法治思维，构建社会行为有预期、管理过程公开、责任界定明晰的社会治理体系，善于运用法治方式把社会治理难题转化为执法司法问题加以解决。
推进社会治理体系和治理能力的现代化，我们要完善科技应用事项的风险补偿机制。由于科技的不确定性，有时难免会对当地生态环境产生一些影响，从而对当地群众造成一定程度的利益受损。对于利益受损民众进行补偿符合正义原则。
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